东晋隆安元年(397年)四月,王恭率北府兵联络荆州军起兵讨伐司马道子。
晋孝武帝在位时,为牵制会稽王司马道子,任命王恭为南兖州刺史,掌北府兵。股仲堪为荆州刺史,掌握上游军权。孝武帝死后,安帝立。司马道子任用心腹王国宝、王绪等,在朝狼狈为奸,被当时人所痛恨。由于王恭是晋安帝的舅父,每与司马道子谈论时政,正色直言,道子很害怕。隆安元年(397年)四月,王国宝等劝司马道子裁减王恭、殷仲堪等人兵权于是王恭联合殷仲堪,以诛国宝为名起兵。王国宝见东西两重镇起兵,其中王恭手中还是精悍的北府兵,自然惊恐万分,上疏请求解除职务,等待审查。司马道子只求息兵,于是将过错推到王国宝头上。四月十七日,王国宝被赐死,王绪被杀。于是王恭将军队撤回到京口(今江苏镇江),殷仲堪也撤兵。
隆安二年(398年)七月,王恭联合殷仲堪再次举兵,又上表请讨伐王愉、司马尚之等。雍州刺史杨佺期、广州刺史桓玄也起兵响应。司马道子不知所措,将平叛之事委托给其子司马元显。殷仲堪不熟悉军事,将指挥之事交给杨佺期兄弟。杨佺期率水师5000人为先锋,桓玄为后继,殷仲堪率兵2万随后,沿江而下。八月到湓口(今江西九江市东),王愉仓皇逃走。桓玄派兵将他活捉。九月,桓玄在白石(今安徽巢县附近)大破官军,次日,官军退守建康(今江苏南京)。司马元显知道王恭平素对部下傲慢,其部将刘牢之很恨他,于是派人秘密会见刘牢之,劝他背叛王恭,许诺事成后将王恭的官职授予他。刘牢之背叛王恭反戈一击,王恭单骑逃跑,想投奔桓玄,在延陵县的长塘湖(今江苏溧阳北)被擒,送到建康,被处死。他的子弟党羽都被杀。刘牢之都督兖、青、冀、幽、并、徐、扬、晋陵诸军事。桓玄则乘机袭击并斩杀殷仲堪和杨佺期,霸居荆州。
