（元朝）设宣政院管理西藏

西藏在元朝称为吐蕃，1260年忽必烈封八思巴为国师，统领全国佛教，兼管叶落军民世俗事务，成为西藏地区最高的宗教领补袖和行政首领。至元二十年(1283)元廷设总制院，1288年更名为宣政院，协助帝师管理全国佛教及吐蕃事务。属一品官的高级官署。由于它享有自选官吏的特权而成为一个相对中书省、枢密院、御史台之外的任官系统，具有政教合一制的特点，自此，西藏开始有有效的中央管辖，成为中国领土不可分割的一部分。

吐蕃地方高级官员由宣政院推举任命，吐蕃军务也由其处理，还可派设行宣政院，与内地的联系主要靠驿站。为保证持有圣旨玉印等书卷及文牒的僧俗官员往返方便，元政府曾两次在吐蕃清查户籍，整顿驿站，签发站户。对于佛教事务，宣政院在江南设有行宣政院，在各路、府、州、县设僧录司等地方机构，并称僧司衙门，管理各地佛寺、僧徒。至1311年，地方僧人之诉讼才归入地方官府管辖。

至顺二年(1331)，元廷又建 16道广教总管府，由宣政院选任达鲁花赤和总管等职位，掌管僧尼政事。此后几年，又回复设立行宣政院这一建制。